Bonjour,
La question est large : s'il n'y a pas de problèmes spécifiques à une migration SQL 2008, il est important de s'assurer que les applications soient validées et aient été testées dans le nouvel environnement.
En particulier, le passage de SQL Server 2000 à 2005/2008 implique de profonds changement du comportement du moteur de bases de données qui ont des impacts notables sur les plans de requêtes et leur optimisation et des effets éventuels sur le verrouillage.
La première précaution, mais non suffisante, est d'utiliser l'assistant "SQL Server Upgrade Advisor" avec vos bases de données à migrer et votre code SQL afin de détecter d'éventuelles configurations ou syntaxes non supportées dans la nouvelle version...

Quant à votre configuration multi-instances (2000 std/ 2005 express), il faut voir s'il est utile ou non de la conserver, ou bien de consolider les deux instances vers la même instance 2008...

Cordialement,

Arian.

Des instances nommées avec des versions différentes de SQL Server (2000, 2005, 2008, standard et express) sont tout à fait envisageables et prises en charge si elles répondent à un besoin. Vous devrez tout de même gérer l'utilisation de la mémoire (max server memory), voire éventuellement l'affinité processeur, comme avec toute configuration multi-instances.

Pour l'installation de la version 2008, faîtes attention à la présence éventuelle de MSXML 6.0 SP1 qu'il faut si nécessaire désinstaller préalablement, problème souvent rencontré qui fait échouer l'installation.

Cordialement,